温度控制：高压蒸汽灭菌器在进行灭菌过程中，必须严格控制温度，以确保达到规定的最小有效温度（MIST），通常为121°C。温度过低将影响到微生物的死亡率，因此在设定和监控过程中不能有任何偏差。为了保证这个标准，一般都会配备精确的温控系统，并且会定期对其进行校准和维护。
时间管理：除了温度之外，灭菌时间也是一个关键因素。在设计时需要考虑到不同的物品所需的灭菌时间，这取决于物品大小、形状以及要达到的滅菌深度。例如，对于大型或密封不良的容器可能需要更长时间来达到整个内部区域均匀消毒。此外，在实际操作中也要留出额外预留时间以应对可能出现的问题。
压力水平：高压蒸汽作为一种强大的杀死微生物的手段，其效能主要取决于工作压力。当处于适当的大气压力的情况下，蒸汽能够更好地渗透至物体内部，从而提高滅菌效果。此外，由于大气压力的不同，工作环境中的设备设置和使用方法也应该相应调整，以保证安全性。
湿度调节：由于蒸汽是水分子构成，所以湿度对于保持滅菌效果至关重要。如果环境内没有足够湿润的情况下，即使有了足够高温，也无法产生充分有效的地面热量从而导致物质表面并未完全消毒。这要求在运行之前检查并调整必要条件以符合要求，如加热室内空气以增加湿度等。
流程执行与记录：最后，不可忽视的是整个滅菌过程及其相关记录。在每一次運行後，都應該記錄下具体细节如設定溫度、時間、壓力等，以及是否無異常發生。在此基础上，可以进一步优化過程，同时對於潜在問題做出及时回应，以确保整体质量控制体系的完善性。
